据现存史料记载，李莲英1911年因病而终，可最后他的棺材中只有一个头部，身体部分找不到了，这是怎么回事呢？关于他的死因，主要有三种说法，不过经过仔细推敲，这些说法都各有漏洞江西祭祖扫墓上坟。
第一种说法，李莲英到东陵拜谒慈禧的陵寝，回来时在半路上被人杀死江西祭祖扫墓上坟。李莲英真是拜谒慈禧陵寝而死吗?据史载，李莲英死于宣统三年(1911年)二月初四。该日既不是慈禧殡天的祭日，也不是上坟祭祖的节日，李莲英却无缘无故地去东陵拜祭，就很难令人置信了。
第二种说法，去山东无棣县看望侄孙女的李莲英，行到山东、河北交界处，被强人所杀，两个侍从无法运回全尸，只好带回一个人头江西祭祖扫墓上坟。李莲英是看侄孙女途中被杀而死吗?据李氏后裔李瑞荣说：李莲英的确有侄孙女。她就是“升泰“(莲英四弟)之子福春的女儿。此女名叫李丽英，她先嫁江西，后改嫁山东无棣县谢家。”可这位李的侄女久住天津，“七·七”事变后才回山东。也就是说，李莲英死时丽英尚在天津，还未去山东。再说李莲英曾过继一个女儿，嫁在沧州知府刘洪武家。在严寒的冬季，他不看近在咫尺的女儿，却远道去看侄孙女，理由也很牵强。
第三种说法，小德张与江朝宗定计，邀李莲英到什刹海会贤堂赴宴，目的是敲竹杠江西祭祖扫墓上坟。席散之后，李途经后海时，遇土匪被杀，在后海只找到了他的人头。李莲英是因财多招祸，被小德张、江朝宗设计所杀吗?令人怀疑的是，杀人后，没有夺取李莲英财物的记载。近来又有人撰文说，李莲英死时，江朝宗尚在陕西汉中任镇总兵，并未在京任职，故此说也难以成立了。
那么，李莲英究竟是怎么死的呢?据李莲英过继之孙李祥吴透露：李莲英吸食鸦片由来已久，最后是得“烟后痢”而死的江西祭祖扫墓上坟。“烟后痢”俗名“烟漏”，即抽大烟后得了痢疾。
“烟后痢”在当时是一绝症江西祭祖扫墓上坟。据说慈禧老太太死后，隆裕太后也很喜欢李莲英，不知道是李莲英年事已老力不从心，还是不想从事二主，念念不忘慈禧太后的好，李坚决出宫不干了。隆裕太后也对他不薄，定期的给李莲英退休金，据说每月可以拿60两白银，秒杀高级干部。告老出宫的李莲英，由于精神空虚，无所事事，吸鸦片量骤增，以致面色灰暗，皱纹增多，眼窝深陷，骨瘦如柴，竟发展到无鸦片难以度日的境地。
宣统三年(1911年)正月二十九日，一个阴冷的夜晚，李莲英突然感到腹如刀绞，大便带血，从此难以进食江西祭祖扫墓上坟。二月初四，这个有52年宫廷生涯的李大总管在风雪交加的夜晚，悄悄离开人间，终年64岁。
1966年，大家都知道的原因，李莲英的墓地被革命小将破坏，墓地被打开时，棺材里只剩下了一个头颅，根本就没有身子江西祭祖扫墓上坟。中国人历来讲究的是全尸，更何况是两朝的权势人物。然而令人不解的是，李莲英为何身首异处，为何只有头骨葬入陵寝?枪杀他的歹徒是为了财宝还是为了李莲英的身子？财宝没了情有可原，一个死太监的身子有什么好的，为什么不翼而飞呢？就此疑问，后人至今也没能做出合理解释。