最盛时有僧侣3500余人，曾是甘、青、川交界地区藏族的政治、宗教、文化中心。拉卜愣寺原有6大扎仓。扎仓，藏语意为学院。拉卜楞寺有6大学院，即修 显宗的闻思学院，修密宗的续部上学院、续部下学院，修天文的时轮学院，修医 药的医药学院和修法事的喜金刚学院。
其中，闻思学院为该寺中心，匾额“慧觉寺”是清乾隆帝所敕赐。正殿11开间，宽100米，深75米，有柱140,大可合抱，可容4000喇嘛同时念经。殿内挂着各色彩幡，燃酥油灯百余盏，烟雾弥漫，幽明 相间，佛光萦绕，一派佛国气象。寺中还有两座讲经坛以及藏经楼、印经院。
寺内珍藏文物数万件，藏文经典、书籍6万余册。说“拉卡楞寺是藏传佛教的高等学 府”，是当之无愧的。拉卡愣寺是藏传佛教密宗寺院，自是修习密宗。可它的最大的闻思学院仍修 显宗，这表明这所“高等学府”是显密共修，兼收并蓄的。佛教以教义内容分，有“大众部”和“上座部”之别；而在传授方法上，则 有“显教”和“密教”之分。
显教又称显宗，密教又称密宗。所谓显教，是应身佛释迦牟尼公开宣说的佛法；除密教外，其余各宗派皆为显教。所谓密教，则是 受法身佛毗卢遮那佛，即大日如来深奥秘密教旨的传授，为“真实”言教，故又 称“秘密教”、“真言宗”，其主要经典为《大日经》、《金刚顶经》、《苏悉地经》等。
在中国西藏地区的密教为藏传佛教，俗称喇嘛教。