主体建筑依次 有:金刚殿(即山门)、天王殿、释迦殿和毗卢殿天镇县祭祀。天王殿东西 下首配有钟楼、鼓楼。释迦殿下首配有观音殿、地藏殿。毗卢殿 配有东西禅房和东西二殿。毗卢殿是寺内主殿,面阔五间,前檐 柱6根。殿脊为琉璃制作,有花卉及云龙走兽等装饰物。正中央 置一琉璃葫芦瓶,直径约1米,瓶上铁铸莲花,莲叶上栖一待飞 铁制候风鸟。
殿内两侧有重檐歇山顶楼阁式木雕藏经阁,曾藏有 经书880余卷,1952年移交给大同市博物馆天镇县祭祀。殿内正面塑有释 迦牟尼佛、毗卢遮那佛、卢舍那佛坐像。释迦殿内有明代壁画 50多平方米。钟鼓楼均为两层八角圆形穹庐式顶,其建筑形制 具有元代建筑风格,并揉合了北方少数民族的文化特色,是山西 省现存元、明两代钟鼓楼中仅有的一例。
慈云寺的建筑和泥塑彩 绘融合了唐、明、清各个时代的文化精华天镇县祭祀。