清同治十三年（1874年）清廷派福建船政钦差大臣沈葆桢来台南安市祭祀。沈葆桢来台后，接受台湾府进士杨士芳、台湾道道员夏献纶与台湾知府周懋琦等人的禀请，与闽浙总督李鹤年、福建巡抚王凯泰与福建将军文煜等人一同上疏追諡郑成功、建立专祠与编入祀典中。
光绪元年（1875年）正月初十，朝廷准奏，下诏曰：「前明故藩朱成功，曾于康熙年间，奉旨准在南安地方建祠南安市祭祀。该故藩仗节守义，忠烈昭然。遇有水旱，祈祷辄应，尤属有功台郡。着照所请，于台湾府城建立专祠并与追谥，以顺舆情。钦此。」
1895年后台湾进入日治时期，因为郑成功有日本血统而受到日本人敬重，因此他的祠庙被保留下来南安市祭祀。